TY  - SER
AU  - Ефимов,Вадим Михайлович
AU  - Ефимов,Кирилл Вадимович
AU  - Ковалева,Вера Юрьевна
AU  - Матушкин,Юрий Георгиевич
TI  - Главные компоненты генетических последовательностей: корреляции и достоверность
KW  - метод SSA
KW  - метод главных компонент
KW  - исследование генов
KW  - кодирующая последовательность гена
KW  - вторичная структура белка
KW  - внешние факторы
KW  - бутстреп-метод
KW  - статьи в журналах
N1  - Библиогр.: 41 назв
N2  - Известно, что любой числовой ряд можно разложить на главные компоненты с помощью сингулярного спектрального анализа. Недавно мы предложили новый метод анализа PCA-Seq, который позволяет вычислять числовые главные компоненты для последовательности элементов любой природы. В частности, последовательность может быть символьной, в том числе, нуклеотидной или аминокислотной. При этом неизбежно встают два вопроса: об интерпретации полученных главных компонент и об оценке их достоверности. Для интерпретации главных компонент разумно вычислять их корреляции с любыми числовыми характеристиками элементов изучаемой последовательности, используемыми в данной предметной области ‒ внешними факторами. При оценке достоверности корреляций между последовательностями необходимо учитывать, что стандартные критерии значимости опираются на предположение независимости наблюдений, которое для реальных последовательностей, как правило, не выполняется. В статье рассматривается применение для этих целей якорного бутстрепа, также ранее разработанного авторами статьи. В этом методе предполагается, что объекты могут быть представлены точками метрического пространства и в совокупности составляют в нем некоторую фиксированную структуру, в частности, последовательность. Объектам приписываются те же случайные целочисленные веса, что и при классическом бутстрепе. Этого достаточно для получения бутстреп-распределения коэффициентов корреляции и оценки их достоверности. При исследовании гена SLC9A1 (синонимы APNH, NHE1, PPP1R143) выявились достоверные корреляции первой главной компоненты кодирующей последовательности с гидрофобностью / “трансмембранностью” соответствующих фрагментов аминокислотной последовательности, содержанием в них фенилаланина, а также разностью содержания тимина и аденина в нуклеотидных фрагментах. Похожая закономерность была найдена другими авторами для других генов, весьма вероятно, что она имеет более общий характер
UR  - http://vital.lib.tsu.ru/vital/access/manager/Repository/koha:000893987
ER  -